北交所围绕中小企业打造差异化交易规则，整体实行连续竞价交易模式，在涨跌幅限制、申报规则、盘中临时停牌等方面都有着区别于主板市场的专属安排，适配专精特新企业股价波动特性。集合竞价阶段分为开盘集合竞价与收盘集合竞价，开盘阶段接受投资者限价申报，集中撮合产生开盘价格，收盘则通过最后三分钟集合竞价确定收盘价，避免尾盘价格被短期资金操纵，保障成交价格的公允性，日常交易时间划分和沪深市场大体保持一致，方便投资者跨市场操作，申报数量也设定了基础标准，单笔申报有最低股数要求，同时允许零碎股一次性申报卖出，解决持股零散无法正常交易的问题。
涨跌幅限制是北交所交易制度里关注度较高的内容，新股上市初期不设置价格涨跌幅限制，上市次日起执行常态化涨跌幅标准，股票竞价交易的涨跌幅比例明显高于主板，能够匹配创新型企业成长过程中股价波动较大的特点。当股票盘中价格波动触及临界数值时，会启动盘中临时停牌机制，停牌时长根据波动幅度划分不同等级，停牌期间投资者依旧可以正常申报委托，停牌结束后恢复连续竞价交易，这套机制既给市场留出情绪消化时间，又不会完全中断交易，减少流动性缺失带来的成交风险，对于习惯短线波段操作的资金来说，需要精准把握停牌节点做好委托规划。
委托申报方式分为限价申报与市价申报两类，市价申报仅在连续竞价时段可用，限价申报则贯穿集合竞价与连续竞价全部交易时段，北交所对市价申报设置了有效价格范围，防止投资者误报高价或者低价造成不必要的损失。投资者单笔申报数量有明确规范，卖出时不足一手的零碎股份必须一次性全部申报，不能拆分多次委托，买入申报则必须按照整手数量进行申报，委托价格最小变动单位也有统一规定，不同股价区间对应不一样的价位档位，精细化的价位设置提升了价格博弈的空间，也让成交定价更加细致。
大宗交易制度是北交所重要的配套交易规则，专门针对大额股份转让开设独立交易通道，不通过连续竞价系统成交，不会对盘中即时股价产生直接冲击，大宗交易有着独立的价格区间和申报时间，申报时间早于日常连续竞价，成交确认时间延后，适合机构投资者、大股东进行大额股份减持或者增持操作。参与大宗交易有门槛要求，对单笔交易数量、交易金额划定标准，只有达到额度要求才能发起委托，成交价格在当日涨跌幅范围内确定，既满足大资金的交易需求，又维持二级市场股价稳定，和场内竞价交易形成互补的交易体系。
回转交易规则执行当日买入当日不可卖出的制度，资金交收与股份过户有着固定周期，股份过户完成之后投资者才可以处置所持股份，这一规则约束了高频日内炒作行为，引导投资者以中长期视角判断企业价值。除此之外，北交所还设置了盘中临时停牌之外的风险警示机制，对于业绩波动较大、交易异常活跃的股票会进行重点监控，对异常集中申报、连续拉抬打压股价等违规交易行为进行管控，规范市场交易秩序，整体制度设计兼顾流动性与风险防控，在放宽价格波动限制的同时，搭配多重风控措施平衡市场运行节奏。
